Après avoir été accusés de servir la guerre ou le pouvoir en place, les scientifiques vont effectivement être accusés d’être à la botte du marché et des grands groupes industriels. Cela devient un deuxième axe de critique à partir des années 60 et la médiatisation des scandales sanitaires.
En 1961, le thalidomide, un médicament antinauséeux utilisé par les femmes enceintes, est retiré de la vente parce qu’il provoque des malformations chez le fœtus. L’attitude du fabricant, qui a longtemps nié ces effets, commence à jeter le discrédit sur les laboratoires pharmaceutiques. Puis dans les années 80, les catastrophes de Bhopal, de Tchernobyl ou de Minamata vont accroître la défiance envers la science, et nourrir l’imaginaire complotiste.