Comme il en témoigne dans Penseur libre en islam, il sera surveillé de près pendant plus de vingt ans et subira la censure d’un régime dont il ne veut pas être le laudateur. On lui refuse l’autorisation de lancer une revue consacrée à une interprétation moderne de l’islam et son livre Iyal Allah (« les enfants de Dieu », 2003) sera interdit, entre autres (lire l’encadré ci-dessous).
Un « bridage » qui n’empêchera pas l’islamologue de se ranger dans l’opposition et de rejoindre des organisations de défense des droits de l’homme, dont, en 1995, le Conseil national pour les libertés en Tunisie (CNLT), aux côtés de Sihem Bensedrine, Moncef Marzouki, Mustapha Ben Jaafar, Abderraouf Ayadi, Mohamed et Samia Abbou, Naziha Réjiba, alias Om Zied… Depuis 2011, tous ont entamé un parcours politique.
