Si la négociation est souvent privilégiée, les choses ont néanmoins très mal fini avec une tribu juive de Médine, que Mahomet a éliminée.
C’est vrai, mais les raisons sont politiques et non religieuses. Les juifs de Médine, organisés en trois tribus, étaient des membres à part entière de la communauté médinoise, qui comptait également deux tribus arabes, dont celle à laquelle Mahomet aurait été apparenté. Mais sur le plan religieux, les notabilités juives refusent catégoriquement de discuter avec Mahomet, qui ne trouve aucun compromis pour les rallier à sa cause. Ses rabbins ne peuvent prendre au sérieux les récits bibliques coranisés.
Mahomet ne peut toutefois pas adopter un axe d’attaque idéologique, les règles de l’alliance intertribale ne le permettant pas. Il va d’abord trouver des prétextes politiques pour faire expulser deux tribus. Et au moment où les Mecquois font le siège de Médine, la troisième tribu aurait pactisé avec les assaillants, ce qui entraîne une riposte tribale automatique. Les hommes sont exécutés, les femmes et les enfants réduits en esclavage.